Tuumajaam vajab toimimiseks tuumkütust, seda hoolimata jaama suurusest või muudest tehnoloogilistest valikutest. See omakorda eeldab pikka tarneahelat, mille iga samm toodab arvestatavat keskkonnareostust: tooraine kaevandamine, rafineerimine, rikastamine, töötlemine, transport Eestisse, kasutamine, vaheladustamine tuumajaama territooriumil, transport lõppladestusjaama kusagil Eestis, lõpp-ladestamine.
Kuigi nt uraani kaevandamist Eestis ei toimu ning neid mõjusid meie otseselt ei näe, ei anna see õigustust neid mõjusid ignoreerida. Kasutatud tuumkütuse on iga riik kohustatud käitlema ise, seega puudub võimalus radioaktiivsete jäätmete saatmiseks kolmandatesse riikidesse. Kuigi tuumajaama jahutustornidest ei tõuse süsihappegaasi ega õhku saastavaid peenosakesi, on jaamade ümbruses elavate inimeste tervis siiski ohustatud näiteks suurema vähiriski tõttu.
Lisaks kasutatud kütusele, mida väikestes reaktorites vahetatakse sagedamini kui suurtes jaamades, on probleemiks ka jaama enda komponendid, mis kiiritusega kokku puutuvad. Osad VMR disainid näevad ette, et suure kulumise ja korrosooni tõttu peab terve reaktori välja vahetama hinnanguliselt iga 8 aasta tagant, tekitades arvestatva koguse ohtlikke jäätmeid, mida ei ole lihtne teisaldada või matta.
Tuumajaamades toimuvad sagedased seisakud, mida näitab suurte kogemustega tuumariigi Prantsusmaa kogemus – 2019. aasta seisakupäevade arv 58 tuumareaktori peale oli keskmiselt 96 päeva (Maailma Tuumaraport). Väikeste reaktoritega, mille käitamisel puuduvad pikajalised kogemused, on tõrgete esinemine tõenäoliselt veelgi sagedasem. Mass-tootmise käigus tekkivad vead on sagedased igas tööstuses, kuid nende tagajärjed võivad eriti tõsised olla just moodulreaktorite puhul.
Tuumajaamaga seotud suured kulutused hüvitab paratamatult maksumaksja, kuna ühelgi erainvestoril ei ole endal vajalikke miljardeid väikeste moodulreaktorite väljaarendamiseks, rajamiseks, opereerimiseks ning hilisemaks ohutuks dekomisjoneerimiseks.
VMRide pooldajad püüavad kulusid vähendada mitmel küsitaval moel – reaktoridisainide lihtsustamisel (asendades nt biomassi jaoks mõeldud katla lihtsalt tuumareaktoriga), võideldes nõrgemate regulatsioonide ja ohutusnõuete eest, püüdes “harmoniseerida” erinevate riikide litsenseerimisprotesse, suunates äririske avalikule sektorile, üritades pääseda taastuvenergiatoetuste nimekirja ja sihtides tuumaenergeetika mõttes veel täiesti reguleerimata turgusid (nt Eesti).
Soome, Saksamaa ja Prantsusmaa kogemused näitavad, et tuumajaamade dekomisjoneerimise ning tuumkütuse vahe- ning lõppladustamise kulud ulatuvad miljarditesse eurodesse ning reeglina jääb tuumajaamade operaatorite endi poolt panustatud finantsvahenditest kordades liiga väheks, et radioaktiivsete tuumajäätmete probleemi hallata. Euroopa Liidu raporti hinnangu kohaselt suudavad tänased tuumajaamade operaatorid ise katta keskmiselt vaid 52% kõikidest dekomisjoneerimise ja jäätmete haldamisega seotud kuludest.